É muito importante seguir à risca as orientações do especialista para evitar os riscos do enxerto capilar. Normalmente essas cicatrizes ficam cobertas ou escondidas pelos que as envolvem. No entanto, esta técnica é pouco utilizada na Espanha devido aos maiores riscos na intervenção e à cicatriz que deixa que impede que o cabelo seja raspado porque ficaria muito visível.

Em alguns pacientes, a anestesia local que foi aplicada na parte superior da cabeça consegue se mover para baixo devido à força da gravidade. Nesses casos, podem aparecer edemas faciais na região das pálpebras. Os edemas costumam ser muito espetaculares, mas não são graves nem complicados, pois desaparecem sozinhos em três ou quatro dias.
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É aconselhável dormir de costas nos primeiros dias após a intervenção para reduzir esse risco. É um risco associado à técnica FUSS em que uma tira ou faixa de pele é seccionada ou cortada onde existem terminações nervosas. Quando a ferida é suturada, juntando-se à pele cortada, a sensação de aperto na área é frequente, embora diminua gradativamente com o passar dos dias.

Esse risco é inexistente na técnica FUE, pois nenhuma parte da pele é seccionada e apenas micro incisões são feitas. Outro dos riscos do enxerto capilar: foliculite – Um risco menor causado pelo rasgo da pele que alguns cabelos podem causar no nascimento, uma vez que o cabelo enxertado caiu. Alguns dos pelos novos podem causar um pequeno inchaço que se resolve rapidamente com a medicação prescrita pelo cirurgião.